Prestanda för fyra nukleinsyramplifieringsanalyser för att identifiera SARS-CoV-2 i Etiopien

Tack för att du besöker Nature.com. Du använder en webbläsarversion med begränsat CSS -stöd. För bästa upplevelse rekommenderar vi att du använder en uppdaterad webbläsare (eller inaktiverar kompatibilitetsläge i Internet Explorer). För att säkerställa pågående stöd visar vi dessutom webbplatsen utan stilar och JavaScript.
Visar en karusell med tre bilder på en gång. Använd de föregående och nästa knapparna för att gå igenom tre bilder åt gången, eller använd skjutreglaget i slutet för att gå igenom tre bilder åt gången.
Sedan koronavirussjukdomen 2019 (Covid-19) har många kommersiella nukleinsyramplifieringstester (NAAT) utvecklats runt om i världen och blivit standardanalyser. Även om flera tester snabbt utvecklades och tillämpades på laboratoriediagnostiska tester, har prestandan för dessa tester inte utvärderats i en mängd olika inställningar. Därför syftade denna studie till att utvärdera prestandan för Abbott SARS-COV-2, DAAN-gen-, BGI- och SANSURE-bioteknikanalyserna med användning av Composite Reference Standard (CRS). Studien genomfördes vid Etiopian Public Health Institute (EPHI) från 1 till 30 december 2020. 164 Nasopharyngeal -prover extraherades med användning av Qiaamp RNA -mini -kit och Abbott DNA -provet -preperingssystemet. Av 164 prover var 59,1% positiva och 40,9% var negativa för CRS. Sansure bioteknikpositivitet var signifikant låg jämfört med CRS (p <0,05). Sansure bioteknikpositivitet var signifikant låg jämfört med CRS (p <0,05). Положителement рзттты Sansure Biotech ыии значително ниже по савнению с crs (p <0,05). Sansure Biotechs positiva resultat var signifikant lägre jämfört med CRS (p <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。 Du sansure biotech ыо значително менше положителных р рыхтттт по с савнению с crs (p <0,05). Sansure Biotech hade signifikant färre positiva resultat jämfört med CRS (p <0,05).Det totala avtalet mellan de fyra analyserna var 96,3–100% jämfört med CRS. Förutom den låga positivitetshastigheten för Sansure Biotech -analysen var prestandan för de fyra analyserna nästan jämförbara. Som sådan kräver Sansure Biotech [endast forskning (RUO)] -analys ytterligare validering för dess användning i Etiopien. Slutligen bör ytterligare forskning övervägas för att utvärdera analyser med lämpliga tillverkares påståenden.
Laboratorietestning är en del av Världshälsoorganisationen (WHO) Strategic Plan for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Beredskap och svar (SPRP). Som rekommenderar att länder måste bygga laboratoriekapacitet för att förbättra beredskapen, korrekt ärendehantering, vaksamhet och snabbt svar på folkhälsoutmaningar. Detta antyder att laboratoriets roll är nyckeln till att karakterisera sjukdomen och epidemiologin hos nya smittämnen och kontrollera deras spridning.
Diagnosen Covid-19 kräver epidemiologisk och medicinsk information, personliga symtom/tecken och radiografiska och laboratoriedata2. Sedan Covid-19-utbrottet rapporterades i Wuhan, Kina, har många kommersiella nukleinsyramplifieringstester (NAATS) utvecklats runt om i världen. Realtid omvänd transkriptionspolymeras-kedjereaktion (RRT-PCR) har använts som en rutinmässig och standardmetod för laboratoriediagnos av allvarligt akut andningssyndrom 2 (SARS-COV-2) 3-infektion. Molekylär detektion av SARS-COV-2 baseras vanligtvis på N (nukleokapsidproteingen), E (höljesproteingen) och RDRP (RNA-beroende RNA-polymerasgen) i ORF1A/B (öppen läsram 1A/B) . gen) region identifierad från det virala genomet. De anses vara de viktigaste konserverade regionerna som finns i virala genom för viruigenkänning4. Bland dessa gener har RDRP- och E -generna hög analytisk detekteringskänslighet, medan N -genen har låg analytisk känslighet5.
Prestanda för PCR -analyser kan variera beroende på olika faktorer såsom: extraktionsreagens, amplifierings-/detekteringsreagens, extraktionsmetod, kvaliteten på PCR -maskinen och andra instrument. Från och med april 2020 har mer än 48 olika diagnostiska enheter från nio länder fått auktorisation för akutanvändning (EUA) för Covid-196 Diagnostics. I Etiopien används mer än 14 PCR-plattformar i realtid för PCR-upptäckt av SARS-CoV-2 vid 26 folkhälsoinstitutioner, inklusive ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 och Quant Studio7. Dessutom finns olika PCR-testsatser tillgängliga, såsom DAAN-gentest, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test och SARS-COV-2 BGI-test. Även om RRT-PCR är mycket känslig, rapporterar vissa patienter med covid-19 falska negativa resultat på grund av otillräckliga kopior av viral ribonukleinsyra (RNA) i prover på grund av felaktig insamling, transport, lagring och hantering och laboratorietest. Förhållanden och åtgärder från personal8. Dessutom kan prov- eller kontrollmissling, cykeltröskel (CT) -inställning och korsreaktivitet med andra patogena nukleinsyror eller inaktiva/återstående SARS-COV-2 RNA leda till falska positiva resultat i RRT-PCR9-analyser. Således är det uppenbart att PCR -test verkligen kan identifiera bärare av genfragment, eftersom de inte ens kan skilja mellan verkligt aktiva virala gener, så testerna kan bara identifiera bärare och inte patienter10. Därför är det viktigt att bedöma diagnostiska prestanda med hjälp av standardmetoder i vår inställning. Även om många NAAT -reagens finns tillgängliga vid Ethiopian Public Health Institute (EPHI) och i hela landet har ingen jämförande utvärdering av deras effektivitet ännu rapporterats. Därför syftade denna studie till att utvärdera den jämförande prestanda för kommersiellt tillgängliga kit för detektion av SARS-COV-2 med RRT-PCR med hjälp av kliniska prover.
Totalt 164 deltagare med misstänkt covid-19 inkluderades i denna studie. Majoriteten av proverna var från behandlingscentra (118/164 = 72%), medan de återstående 46 (28%) deltagarna var från icke-behandlingscentra. Bland deltagarna som inte behandlades i centrum hade 15 (9,1%) kliniskt misstänkt fall och 31 (18,9%) hade kontakter av bekräftade fall. Nittiotre (56,7%) deltagare var manliga, och deltagarnas medelvärde (± SD) var 31,10 (± 11,82) år.
I denna studie bestämdes positiva och negativa hastigheter av fyra tester för covid-19. Således var de positiva hastigheterna för Abbott SARS-COV-2-analysen, DAAN GENE 2019-NCOV-analys, SARS-CoV-2 BGI-analys och Sansure Biotech 2019-NCOV-analys 59,1%, 58,5%, 57,9% och 55,5% respektive respektive 55,5% . Den positiva och negativa kompositreferensstandard (CRS) poäng var 97 (59,1%) respektive 67 (40,9%) (tabell 1). I denna studie baserades definitionen av CRS på ”någon positiv” regel, varigenom av fyra testresultat, två eller flera testresultat som gav samma resultat ansågs vara verkliga positiva eller negativa.
I denna studie fann vi ett negativt procentuellt avtal (NPA) på 100% (95% CI 94,6–100) för alla analyser jämfört med CRS. Sansure Biotechnology-analysen visade en minimal PPA på 93,8% (95% CI 87,2-97,1) och DAAN-genen 2019-NCOV-analys hade en övergripande avtal på 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Däremot var det totala överenskommelsen mellan SARS-COV-2 BGI-analysen och Sansure Biotech 2019-NCOV-analysen 98,8% respektive 96,3% (tabell 2).
Cohens Kappa-koefficient för överenskommelse mellan CRS och Abbott SARS-CoV-2-analysresultat var helt konsekventa (K = 1,00). På liknande sätt är Cohens Kappa-värden upptäckt av Daan Gene 2019-NCOV, SARS-CoV-2 BGI och Sansure Biotech 2019-NCOV också helt överens med CRS (K ≥ 0,925). I denna jämförande analys visade Chi-square-testet (McNemar-testet) att Sansure Biotech 2019-NCOV-analysresultaten skilde sig signifikant från CRS-resultaten (p = 0,031) (tabell 2).
Som visas i fig.1 Procentandelen av det lägsta CT-värdet (<20 CT) av Abbott SARS-COV-2-analys (kombinerad RDRP och N-gen) var 87,6% och ORF1A/B-genen CT-värde för Sansure Biotech 2019-NCOV-analys visade att procentsatsen av låga låga CT -värdet (<20 CT) var 50,3% och det höga CT -värdet (36–40 CT) var 3,2%. 1 Procentandelen av det lägsta CT-värdet (<20 CT) av Abbott SARS-COV-2-analys (kombinerad RDRP och N-gen) var 87,6% och ORF1A/B-genen CT-värde för Sansure Biotech 2019-NCOV-analys visade att procentsatsen av låga låga CT -värdet (<20 CT) var 50,3% och det höga CT -värdet (36–40 CT) var 3,2%.Som visas i fig.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анализа Abbott sars-cov-2 (коминированanda г г г rdrp и n) сосавaktion ORF1A/B анализа Sansure Biotech 2019-ncov показало ччо процент нозого значения (<20 ct) составл 50,3%, а зазоозззззement) с 3,3,3%, аа ооооззekan) с 3,3,3%, аа ооооззekan) с 3,3,3,3%, аа оооозззedom) с, 3,3,3%, аа ss составло 3,2%. 1, procentandelen av den lägsta CT-värdet (<20 CT) -analysen av Abbott SARS-COV-2 (kombinerad gen RDRP och N) var 87,6%, och CT-värdet för ORF1A/B-genanalys av Sansure Biotech 2019-NCOV visade att procentandelen lågt Ct -värde (<20 CT) stod för 50,3%och Ct (36–40 CT) stod för 3,2%.如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比 （<20 CT） 为 87,6%， SANSURE BIOTECH 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 CT 值 (36–40 CT) 的百分比为 3,2%。 Såsom visas i figur 1 är den lägsta CT-värdeprocenten (<20 CT) av Abbott SARS-CoV-2-testet (kombination av RDRP och N-gen) 87,6%, ORF1A/B-genen CT-värde för Sansure Biotech 2019-NCOV-test Visar låg CT 值 (<20 CT) 的 Procent är 50,3%, 高 CT 值 (36–40 CT) 的 Procentandel är 3,2%. Как показано на рисуе 1, анализ abbott sars-cov-2 (сочетающий rikt разере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b в исседоваiella Sansure Biotech 2019- а низ ncov покалалалалйий ct. Såsom visas i figur 1 hade Abbott SARS-COV-2-analysen (kombination av RDRP- och N-generna) det lägsta procentuella CT-värdet (<20 CT) vid 87,6%, medan CT-värdet för ORF1A/B-genen i sansurer Biotech 2019 -studie - Analysen av NCOV visade en låg CT. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а процент высоких значений ct (36–40 ct) составил 3,2%. Procentandelen värden (<20 CT) var 50,3%och procentandelen höga CT -värden (36–40 CT) var 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B-testet registrerade CT-värden över 30. Å andra sidan hade BGI SARS-COV-2-analys ORF1A/B-genen ett högt CT-värde (> 36 CT) procentandel 4% (fig. 1). Å andra sidan hade BGI SARS-COV-2-analys ORF1A/B-genen ett högt CT-värde (> 36 CT) procentandel 4% (fig. 1). С друой стороны, анализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b имел высокое значение ct (> 36 ct). Å andra sidan, i analysen av BGI SARS-CoV-2-genen ORF1A/B hade ett högt CT-värde (> 36 CT), vars procent var 4% (fig. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。 Å andra sidan, i BGI SARS-COV-2-detektion, är procentandelen av ORF1A/B-genen med högt CT-värde (> 36 CT) 4% (figur 1). С друой стороны, а нализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ы 4% (р 1). Å andra sidan, i BGI SARS-CoV-2-analysen, var procentandelen av ORF1A/B-gener med höga CT-värden (> 36 CT) 4% (fig. 1).
I denna studie tog vi 164 nasofaryngealprover. För alla typer av analyser utfördes RNA -isolering och amplifiering med användning av de metoder och kit som rekommenderas av respektive tillverkare.
Denna studie visade att Abbotts test för SARS-CoV-2 har samma detekteringsprestanda som CRS, med 100% positiva, negativa och totala överensstämmelser. Cohens Kappa -avtal är 1,00, vilket indikerar fullt avtal med CRS. En liknande studie från University of Washington i USA fann att den övergripande känsligheten och specificiteten för Abbott-testet för SARS-CoV-2 var 93% respektive 100% jämfört med den laboratoriebestämda analysen (LDA) för CDC . 11. Abbott SARS-CoV-2-detekteringssystemet är baserat på samtidig kombinerad detektion av N- och RDRP-generna, eftersom båda generna är mer känsliga, vilket minimerar falska negativ12. En studie i Wien, Österrike visade också att stora extraktionsprovvolymer och detektering av elueringsvolymer minimerade utspädningseffekter och ökad detekteringseffektivitet13. Således kan Abbotts perfekta matchning för SARS-COV-2-analysen associeras med ett plattformsdetekteringssystem som samtidigt upptäcker kombinatoriska gener, extraherar ett stort antal prover (0,5 ml) och använder en stor mängd elueringsmedel (40 | il).
Våra resultat visade också att detekteringsprestanda för DAAN -genetiska testet var nästan samma som för CRS. Detta överensstämmer med en studie14 som genomfördes vid Anhui University i Huainan, Kina och tillverkarens påstående om 100% positivt avtal. Trots rapporter om konsekventa resultat var ett prov falskt negativt efter att ha återupptagit samma eluat, men var positiv i Abbott SARS-CoV-2 och Sansure Biotech NCOV-2019-analyser. Detta antyder att det kan finnas variation i resultaten mellan olika typer av analyser. I studien som genomfördes i Kina15 var dock resultatet av DAAN-genanalysen signifikant annorlunda (p <0,05) jämfört med deras lab-definierade referensanalys. I studien som genomfördes i Kina15 var dock resultatet av DAAN-genanalysen signifikant annorlunda (p <0,05) jämfört med deras lab-definierade referensanalys. Тalis. лабораторнstående эталонноvik аekvensла .а. I en studie i China15 var Daan Genes analysresultat emellertid signifikant annorlunda (p <0,05) från deras laboratoriereferensanalys.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в иследовани kvinnon сравнению с еээталiellaл лабораторны тестом. I en studie i China15 var emellertid resultaten av Daans genetiska test signifikant olika (p <0,05) jämfört med dess referenslaboratorietest.Denna skillnad kan bero på att referenstestet är känslighet för att upptäcka SARS-COV-2, och ytterligare studier kan vara viktiga för att bestämma orsaken.
In addition, our study evaluated the comparative performance of the SARS-CoV-2 BGI assay with CRS, showing excellent positive percentage agreement (PPA = 97.9%), negative percentage agreement (NPA = 100%), and overall percentage agreement by gender ( Opa). ). = 98,8%). Cohens Kappa -värden visade bra överenskommelse (K = 0,975). Studier i Nederländerna16 och China15 har visat konsekventa resultat. SARS-COV-2 BGI-testet är ett enda gen (ORF1A/B) detekteringstest med användning av 10 | il amplifiering/detektering av eluat. Trots ett bra statistiskt avtal med våra referensresultat missade analysen två positiva prover (1,22%) av det totala provet. Detta kan ha enorma kliniska konsekvenser för överföringsdynamik på både patientnivåer och samhällsnivåer.
En annan jämförande analys som ingick i denna studie var Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) -analys; Den totala matchprocenten var 96,3%. Styrkan i överenskommelsen bestämdes också av Cohens kappavärde, som var 0,925, vilket indikerade full överenskommelse med CRS. Återigen är våra resultat identiska med studier som genomförts vid Central South University i Changsha, Kina och vid Clinical Laboratory Department of Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Även om ovanstående goda statistiska konkordans registrerades visade Chi-square-testet (MacNemar-testet) att resultatet av Sansure Biotech-analysen har haft en statistiskt signifikant skillnad jämfört med CRS (P <0,005). Även om ovanstående goda statistiska konkordans registrerades visade Chi-square-testet (MacNemar-testet) att resultatet av Sansure Biotech-analysen har haft en statistiskt signifikant skillnad jämfört med CRS (P <0,005). Несмотря на то, что ыо зафиксировано уазанное выше хороше старистическое сement сооотста, кр йий engelS (p 0,005). Även om det goda statistiska avtalet ovan registrerades visade Chi-square-testet (McNemar-testet) att resultatet av Sansure Biotech-analysen hade en statistiskt signifikant skillnad jämfört med CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （MacNemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 （P <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（MacNemar 检验 表明 ， ， sansure bioteknik 检测 与 与 CRS 相比 显着 （（P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отеченнekta ыше хороше статистичement (катакакакакакакveck) статистически значим разниц (p <0,005) меж аker Trots det goda statistiska avtalet som nämnts ovan visade chi-square-testet (McNemar-testet) en statistiskt signifikant skillnad (p <0,005) mellan Sansure Biotech-analysen och CRS.Sex prover (3,66%) visade sig vara falska negativa jämfört med CRS (kompletterande tabell 1); Detta är mycket viktigt, särskilt med tanke på dynamiken i överföring av viruset. Ovanstående data stöder också denna låga detekteringsgrad15.
I denna studie bestämdes CT-värden för varje analys och respektive plattform, med det lägsta genomsnittliga CT-värdet rapporterat i Abbott SARS-CoV-2-analysen. Detta resultat kan vara relaterat till Abbotts samtidiga kombinerade genetiska testsystem för detektion av SARS-COV-2. Enligt figur 1 hade därför 87,6% av Abbott SARS-CoV-2-resultat CT-värden under 20. Endast ett litet antal provresultat (12,4%) låg i 20-30-intervallet. CT -värden över 30 registrerades inte. Förutom Abbotts användning av SARS-CoV-2-panelens genetiska testformat kan detta resultat vara relaterat till den lägre detektionsgränsen (32,5 RNA-kopior/ml) 18, vilket är tre gånger lägre än företagets lägre gräns på 100 RNA-kopior /ml. ML) 19.
Denna studie har vissa begränsningar: för det första har vi inte standard/referensmetoder [som viral belastning eller andra laboratorietester (LDA)] på grund av brist på resurser. För det andra var alla prover som användes i denna studie nasofaryngeala vattpinnar, medan resultaten inte var tillämpliga på andra provtyper, och för det tredje var vår provstorlek liten.
Denna studie jämförde prestanda för fyra RRT-PCR-analyser för SARS-COV-2 med användning av nasofaryngealprover. Alla detekteringsanalyser hade nästan jämförbar prestanda, med undantag för Sansure Biotech -analysen. Dessutom identifierades den låga positivitetshastigheten i Sansure Biotech -analysen jämfört med CRS (P <0,05). Dessutom identifierades den låga positivitetshastigheten i Sansure Biotech -analysen jämfört med CRS (P <0,05). Кроме то vän, тестss sansure biotech ыы вывлен низий процент положитт р рых роо ро соцевенююжжжжжжжооо ämpla (P <0,05) (P <0,05). Dessutom visade Sansure Biotech -testet en låg andel positiva resultat jämfört med CRS (P <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansur Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansur Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Кроме т Prest, анализ Sansure Biotech имел болеss низий уровень положитт р рых рооо со со со со с со совanj пST Dessutom hade Sansure Biotech -analysen en lägre positivitetsgrad jämfört med CRS (P <0,05).Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) -analys av PPA, NPA och det totala avtalet överskred 93,5% med en Cohen Kappa-styrka av överenskommelsevärde på 0,925. Slutligen behöver Sansure Biotech Assay (RUO) ytterligare validering för användning i Etiopien, och ytterligare forskning bör övervägas för att utvärdera påståenden från enskilda tillverkare.
Jämförande studiedesign genomfördes på fyra hälsoanläggningar i Addis Abeba, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital och St. Peters Tuberculosis Specialist Hospital. Uppgifterna samlades in mellan 1 och 31 december 2020. De medicinska anläggningarna för denna studie valdes medvetet utifrån deras stora antal fall och tillgängligheten av stora behandlingscentra i staden. På liknande sätt valdes instrument, inklusive ABI 7500 och Abbott M2000 PCR-instrument i realtid, enligt rekommendationerna från NAAT-reagensstillverkarna, och fyra PCR-detekteringssatser valdes för denna studie, som de flesta laboratorier i Etiopien använde åtminstone åtminstone åtminstone åtminstone åtminstone åtminstone Fyra av dem. Gentest, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test och SARS-COV-2 BGI-test utfördes under studien).
Testning för SARS-COV-2 utfördes från 1 till 30 december 2020 med användning av 3 ml viralt transportmedium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kina) från individer som undersöks för covid-19 hänvisad till EPHI. Nasopharyngeal -prover samlades in av utbildade provsamlare och skickades till EPHI i trippelpaket. Innan nukleinsyraisolering tilldelas varje prov ett unikt identifikationsnummer. Extraktion utförs från varje prov omedelbart vid ankomst med manuella och automatiska extraktionsmetoder. För den automatiska extraktionen av Abbott M2000 extraherades således 1,3 ml (inklusive 0,8 ml dödvolym och 0,5 ml extraktionsinloppsvolym) från varje prov och passerade genom Abbott DNA -provberedningssystemet (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Ett parti av 96 [92 prover, två detektionskontroller och två icke-mallkontroller (NTC)] inkluderades i den totala processen (hämtning och detektion) av två omgångar av SARS-COV-2 (EUA) i realtid. brytning. På liknande sätt, för manuell extraktion, använd samma prover (för automatisk extraktion och upptäckt). Således, under hela processen, alikvotades 140 | il prover och extraherades med användning av Qiaamp -virala RNA -mini -kit (Qiagen GmbH, Hilden, Tyskland) i partier av 24 (inklusive 20 prover, två analyskontroller och två NTC) under nio omgångar. Manuellt extraherade eluater amplifierades och detekterades med användning av en ABI 7500 termisk cykler med användning av SARS-COV-2 BGI-analys, DAAN-genanalys och Sansure Biotech-analys.
Automatiserad isolering och rening av SARS-COV-2 viralt RNA följer den magnetiska pärlprincipen med användning av Abbott DNA-provberedningsreagens. Inaktivering av prover och solubilisering av virala partiklar utförs med användning av ett tvättmedel som innehåller guanidinisotiocyanat för att denaturera proteinet och inaktivera RNas. RNA separeras sedan från proteinet genom fast fasseparation med användning av kiseldioxid, dvs guanidiniumsaltet och det alkaliska pH i lysbufferten främjar bindning av nukleinsyrorna till kiseldioxid (SiO2). Sköljningssteget tar bort återstående proteiner och skräp för att producera en tydlig lösning. Transparent RNA isoleras från kiseldioxidbaserade mikropartiklar med hjälp av instrumentets magnetfält20,21. Å andra sidan utförs manuell isolering och rening av RNA med spinnkolonnmetoden med hjälp av centrifugering istället för ett magnetstativ och separering av mikropartiklar från eluentet.
Abbott realtid SARS-CoV-2-detekteringstest (Abbott Molecular, Inc.) utfördes enligt tillverkarens instruktioner, som fick EUA19,22 från WHO och FDA. I detta protokoll utfördes provinaktivering före extraktion i ett vattenbad vid 56 ° C under 30 minuter. Efter virusinaktivering utfördes nukleinsyraktraktion på ett Abbott M2000 SP -instrument från 0,5 ml VTM med användning av ett Abbott M2000 DNA -provberedningssystem. Enligt tillverkaren. Amplifiering och detektion utfördes med användning av ett Abbott M2000 RT-PCR-instrument, och dubbel detektion utfördes för RDRP- och N-generna. ROX) och VIC P (Proprietary Dye) för inriktning och detektion av interna kontroller, vilket möjliggör samtidig detektion av båda amplifieringsprodukterna 19.
Amplifieringsdetekteringsmetoden för detta kit är baserad på en-stegs RT-PCR-teknik. ORF1A/B- och N -generna valdes som bevarade regioner med DAAN -genteknologi för att upptäcka målregionförstärkning. Specifika primrar och fluorescerande sonder (N-genprober märkta med FAM, ORF1A/B-sonder märkta med VIC) har utformats för att detektera SARS-COV-2 RNA i prover. De slutliga eluerings- och masterblandningarna framställdes genom tillsats av 5 | il elueringsmedel till 20 | il av masterblandningen till en slutvolym av 25 | il. Amplifiering och detektion utfördes samtidigt på ett ABI 750024 PCR-instrument i realtid.
ORF1A/B- och N-generna detekterades med användning av Sansure Biotech NCOV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescerande PCR-detektion). Förbered specifika sonder för varje målgen genom att välja FAM -kanalen för ORF1A/B -regionen och ROX -kanalen för N -genen. Till detta analyspaket tillsätts eluerings- och masterblandningsreagens enligt följande: Förbered 30 | il Master Mix -reagens och 20 | il eluerat prov för detektion/amplifiering. Realtid PCR ABI 750025 användes för amplifiering/detektion.
SARS-COV-2 BGI-testet är ett fluorescerande RRT-PCR-kit i realtid för diagnos av covid-19. Målområdet är beläget i ORF1A/B-regionen i SARS-CoV-2-genomet, som är en enda gendetekteringsmetod. Dessutom är den mänskliga hushållningsgenen ß-aktin en internt reglerad målgen. Mastermixen framställs genom att blanda 20 | il av mastermixreagenset och 10 | il av det extraherade RNA -provet i en brunnsplatta26. Ett ABI 7500 fluorescerande kvantitativt PCR-instrument i realtid användes för amplifiering och detektion. All nukleinsyramplifiering, PCR -körförhållanden för varje analys och tolkning av resultat utfördes enligt respektive tillverkarens instruktioner (tabell 3).
I denna jämförande analys använde vi inte referensstandardmetoden för att bestämma procentuella avtal (positivt, negativt och totalt) och andra jämförelseparametrar för de fyra analyserna. Varje testjämförelse gjordes med CRS, i denna studie fastställdes CRS av regeln "något positivt" och resultatet bestämdes, inte av ett enda test, vi använde minst två matchade testresultat. Dessutom, vid överföring av covid-19, är falska negativa resultat farligare än falska positiva resultat. För att säga "positivt" så exakt som möjligt från ett CRS -resultat måste minst två analystester vara positiva, vilket innebär att minst ett positivt resultat troligen kommer från en EUA -analys. Av fyra testresultat anses således två eller flera testresultat som ger samma resultat som verkliga positiva eller negativa18,27.
Data samlades in med hjälp av strukturerade datauttagningsformulär, datainmatning och analys utfördes med användning av Excel Statistical Software och SPSS version 23.0 för beskrivande statistik. Positivt, negativt och totalt procentuellt avtal analyserades och en Kappa -poäng användes för att bestämma graden av avtal för varje metod med CRS. Kappa-värden tolkas enligt följande: 0,01 till 0,20 för mild överenskommelse, 0,21 till 0,40 för allmän avtal, 0,41-0,60 för måttligt avtal, 0,61-0,80 för större avtal och 0,81-0,99 för fullständigt avtal28.
Etisk godkännande erhölls från University of Addis Abeba och alla experimentella protokoll för denna studie godkändes av Etiopian Public Health Institute: s Scientific Ethics Review Board. Referensnumret för EPHI-etiklicensen är EPHI/IRB-279-2020. Alla metoder tillämpades i enlighet med rekommendationerna och bestämmelserna i de etiopiska nationella omfattande riktlinjerna för behandling av covid-19. Dessutom erhölls skriftligt informerat samtycke från alla deltagare i studien före deltagandet i studien.
Alla data som erhållits eller analyseras i denna studie ingår i denna publicerade artikel. Data som stöder resultaten från denna studie är tillgängliga från respektive författare på rimlig begäran.
Världshälsoorganisationen. Rekommendationer för laboratorieteststrategier för COVID-19: Interim Guidance, 21 mars 2020 Nej. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki covid-19 smart diagnos på akutmottagningen: all-in i praktiken. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki covid-19 smart diagnos på akutmottagningen: all-in i praktiken.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. och Gurgulianis, KI Intelligent diagnos av covid-19 på akutmottagningen: allt i praktiken.Muliou DS, Pantazopoulos I. och Gurgulyanis Ki Intelligent diagnos av covid-19 i akutavdelningar: End-to-end-integration i praktiken. Expert pastor respir. medicin. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Utvärdering av Covid19 ID nu EUA -analys. Mitchell, SL & St George, K. Utvärdering av Covid19 ID nu EUA -analys.Mitchell, SL och St. George, K. Utvärdering av Covid19 ID nu EUA -analys.Mitchell SL och St. George K. Utvärdering av Covid19 ID nu EUA -analys. J. Clinical. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoriedetektering av koronavirussjukdom 2019 (covid-19) vid misstänkt mänsklig sjukdom. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (åtkom 15 augusti 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Covid-19-diagnos: sjukdomar och testverktyg. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Etablering av College of Pathologists of Eastern, Central and South Africa - Regional School of Pathology of the Mellanöstern och Sydafrika. Afrika. J. Lab. medicin. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopiska Institute of Public Health, Federal Ministry of Health. Interim National Strategy and Guidance for Laboratory Diagnosis of Covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (åtkom 12 augusti 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, som falska negativa tester för SARS-CoV-2-infektionsutmaningar och implikationer. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, som falska negativa tester för SARS-CoV-2-infektionsutmaningar och implikationer.Voloshin S., Patel N. och Kesselheim som falska negativa tester för SARS-CoV-2-infektioner och deras konsekvenser.Voloshin S., Patel N. och Kesselheim som falska negativa tester för provokation och påverkan av SARS-CoV-2-infektion. N. Eng. J. Medicin. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI falsk-positiva och falska negativa covid-19-fall: andningsförebyggande och hanteringstrategier, vaccination och ytterligare perspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI falsk-positiva och falska negativa covid-19-fall: andningsförebyggande och hanteringstrategier, vaccination och ytterligare perspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki ложноположителement и ложнотрицаталker вацинация и далнейшие перспекттивы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False Positive and False Negative Cases of Covid-19: Respiratory Prevention and Treatment Strategies, Vaccination and the Way Forward.Muliu, DS och Gurgulianis, KI falsk-positiva och falska negativa fall av covid-19: strategier för andningsförebyggande och behandling, vaccination och vägen framåt. Expert pastor respir. medicin. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnos på akutmottagningen: se trädet men förlorar skogen. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnos på akutmottagningen: se trädet men förlorar skogen.Mouliou, DS, Ioannis, P. och Konstantinos, G. Covid-19 Diagnos på akutmottagningen: se trädet, förlora skogen.Muliou DS, Ioannis P. och Konstantinos G. Covid-19 Diagnos i akutmottagare: Inte tillräckligt med skog för träden. Synas. medicin. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validering och validering av analytisk och klinisk prestanda för Abbott realtid SARS-CoV-2-analys. J. Clinical. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Jämförelse fem primeruppsättningar från olika genomregion av covid-19 för detektion av virusinfektion genom konventionell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Jämförelse av fem primeruppsättningar från olika genomregioner i covid-19 för detektion av virusinfektion genom konventionell RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. och Aflatunyan, B. Jämförelse av fem uppsättningar av primrar från olika regioner i covid-19-genomet för detektion av viral infektion genom konventionell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Jämförelse av 5 olika genetiska regioner av covid-19 för detektion av viral infektion genom konventionell RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. och Aflatunyan B. Jämförelse av fem uppsättningar av primrar från olika regioner i covid-19-genomet för detektion av viral infektion genom konventionell RT-PCR.Iran. J. Microbiology. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Preliminära resultat från National External Quality Assessment Program för detektion av SARS-CoV-2 genomsekvenser. J. Clinical. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytisk utvärdering av effekten av fem RT-PCR-satser för svår akut andningssyndrom Coronavirus 2. J. Clinical. laboratorium. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Utvärdering av sju kommersiellt tillgängliga SARS-COV-2 RNA-detekteringssatser i Kina baserat på realtidspolymeraskedjereaktion (PCR). klinisk. Kemisk. laboratorium. medicin. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, Pb et al. Jämförelse av sju kommersiella RT-PCR COVID-19 diagnostiska satser. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Jämförelse av diagnostisk prestanda för två PCR-satser för detektion av SARS-CoV-2-nukleinsyror. J. Clinical. laboratorium. anus. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, PR, etc. En jämförande studie av fyra SARS-CoV-2 nukleinsyramplifieringstestning (NAAT) plattformar visade att ID nu prestanda var signifikant nedbrutet beroende på patient- och provtyp. diagnos. mikrobiologi. Infektera. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molecule. Abbott realtid SARS-CoV-2-analyspaketinsats. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-alsay. 1-12. (Från 10 augusti 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA-isolering med användning av magnetiska pärlor för snabb storskalig detektion med RT-QPCR och RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).