中文网站
Tack för att du besöker Nature.com. Du använder en webbläsarversion med begränsat CSS-stöd. För bästa möjliga upplevelse rekommenderar vi att du använder en uppdaterad webbläsare (eller inaktiverar kompatibilitetsläge i Internet Explorer). För att säkerställa fortsatt support visar vi dessutom webbplatsen utan stilar och JavaScript.
Visar en karusell med tre bilder samtidigt. Använd knapparna Föregående och Nästa för att bläddra igenom tre bilder åt gången, eller använd skjutreglageknapparna i slutet för att bläddra igenom tre bilder åt gången.
Sedan utbrottet av coronavirussjukdomen (COVID-19) 2019 har många kommersiella nukleinsyraamplifieringstester (NAAT) utvecklats runt om i världen och har blivit standardanalyser. Även om flera tester snabbt utvecklades och tillämpades på laboratoriediagnostiska tester, har prestandan hos dessa tester inte utvärderats i en mängd olika miljöer. Därför syftade denna studie till att utvärdera prestandan hos Abbott SARS-CoV-2-, Daan Gene-, BGI- och Sansure Biotech-analyserna med hjälp av Composite Reference Standard (CRS). Studien genomfördes vid Etiopiska folkhälsoinstitutet (EPHI) från 1 till 30 december 2020. 164 nasofaryngeala prover extraherades med hjälp av QIAamp RNA mini-kit och Abbott DNA-provprepareringssystem. Av 164 prover var 59,1 % positiva och 40,9 % negativa för CRS. Sansure Biotech-positiviteten var signifikant låg jämfört med CRS (p < 0,05). Sansure Biotech-positiviteten var signifikant låg jämfört med CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotechs positiva resultat var signifikant lägre jämfört med CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech hade signifikant färre positiva resultat jämfört med CRS (p < 0,05).Den totala överensstämmelsen för de fyra analyserna var 96,3–100 % jämfört med CRS. Förutom den låga positivitetsgraden för Sansure Biotech-analysen var prestandan för de fyra analyserna nästan jämförbar. Sansure Biotech [Research Only (RUO)]-analysen kräver därför ytterligare validering för sin användning i Etiopien. Slutligen bör ytterligare forskning övervägas för att utvärdera analyser med lämpliga tillverkarpåståenden.
Laboratorietester är en del av Världshälsoorganisationens (WHO) strategiska plan för beredskap och respons på coronavirussjukdomen 2019 (COVID-19) (SPRP). WHO rekommenderar att länder behöver bygga upp laboratoriekapacitet för att förbättra beredskapen, korrekt fallhantering, vaksamhet och snabba insatser för att hantera folkhälsoutmaningar. Detta tyder på att laboratoriets roll är avgörande för att karakterisera sjukdomen och epidemiologin hos nya smittämnen och kontrollera deras spridning.
Diagnosen av COVID-19 kräver epidemiologisk och medicinsk information, personliga symtom/tecken samt radiografiska och laboratoriedata2. Sedan COVID-19-utbrottet rapporterades i Wuhan, Kina, har många kommersiella nukleinsyraamplifieringstester (NAAT) utvecklats runt om i världen. Realtids-omvänd transkriptionspolymeraskedjereaktion (rRT-PCR) har använts som en rutinmässig och standardmetod för laboratoriediagnos av infektion med allvarligt akut respiratoriskt syndrom 2 (SARS-CoV-2)3. Molekylär detektion av SARS-CoV-2 baseras vanligtvis på N-generna (nukleokapsidproteingen), E-genen (höljeproteingen) och RdRp-genen (RNA-beroende RNA-polymerasgen) i ORF1a/b-regionen (öppen läsram 1a/b-gen) identifierad från virusgenomet. De anses vara de huvudsakliga konserverade regionerna som finns i virusgenom för virusigenkänning4. Bland dessa gener har RdRp- och E-generna hög analytisk detektionskänslighet, medan N-genen har låg analytisk känslighet5.
Prestandan för PCR-analyser kan variera beroende på olika faktorer såsom: extraktionsreagens, amplifierings-/detektionsreagens, extraktionsmetod, PCR-maskinens kvalitet och andra instrument. Från och med april 2020 har mer än 48 olika diagnostiska apparater från nio länder fått Emergency Use Authorization (EUA) för COVID-196-diagnostik. I Etiopien används mer än 14 realtids-PCR-plattformar för PCR-detektion av SARS-CoV-2 vid 26 folkhälsoinstitutioner, inklusive ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 och Quant-studio7. Dessutom finns olika PCR-testkit tillgängliga, såsom Daan Gene-testet, Abbott SARS-CoV-2-testet, Sansure Biotech-testet och SARS-CoV-2 BGI-testet. Även om rRT-PCR är mycket känsligt rapporterar vissa patienter med COVID-19 falskt negativa resultat på grund av otillräckliga kopior av viral ribonukleinsyra (RNA) i prover på grund av felaktig insamling, transport, lagring och hantering samt laboratorietester. personalförhållanden och åtgärder8. Dessutom kan felaktig hantering av prover eller kontroller, inställning av cykeltröskelvärden (Ct) och korsreaktivitet med andra patogena nukleinsyror eller inaktivt/resterande SARS-CoV-2 RNA leda till falskt positiva resultat i rRT-PCR9-analyser. Det är således tydligt att PCR-tester faktiskt kan identifiera bärare av genfragment, eftersom de inte ens kan skilja mellan verkligt aktiva virusgener, så testerna kan bara identifiera bärare och inte patienter10. Därför är det viktigt att bedöma diagnostisk prestanda med hjälp av standardmetoder i vår miljö. Även om många NAAT-reagens finns tillgängliga vid Etiopiens folkhälsoinstitut (EPHI) och i hela landet, har ingen jämförande utvärdering av deras effektivitet ännu rapporterats. Därför syftade denna studie till att utvärdera den jämförande prestandan hos kommersiellt tillgängliga kit för detektion av SARS-CoV-2 med rRT-PCR med användning av kliniska prover.
Totalt 164 deltagare med misstänkt COVID-19 inkluderades i denna studie. Majoriteten av proverna kom från behandlingscenter (118/164 = 72 %), medan de återstående 46 (28 %) deltagarna kom från icke-behandlingscenter. Bland deltagarna som inte behandlades på centret hade 15 (9,1 %) kliniskt misstänkta fall och 31 (18,9 %) hade kontakt med bekräftade fall. Nittiotre (56,7 %) deltagare var män, och deltagarnas medelålder (± SD) var 31,10 (± 11,82) år.
I denna studie fastställdes positiva och negativa frekvenser för fyra tester för COVID-19. Således var de positiva frekvenserna för Abbott SARS-CoV-2-analysen, Daan Gene 2019-nCoV-analysen, SARS-CoV-2 BGI-analysen och Sansure Biotech 2019-nCoV-analysen 59,1 %, 58,5 %, 57,9 % respektive 55,5 %. De positiva och negativa poängen för den sammansatta referensstandarden (CRS) var 97 (59,1 %) respektive 67 (40,9 %) (tabell 1). I denna studie baserades definitionen av CRS på regeln om "alla positiva resultat", där två eller fler testresultat som gav samma resultat av fyra testresultat ansågs vara sant positiva eller negativa.
I denna studie fann vi en negativ procentuell överensstämmelse (NPA) på 100 % (95 % KI 94,6–100) för alla analyser jämfört med CRS. Sansure Biotechnology-analysen visade en minimal PPA på 93,8 % (95 % KI 87,2–97,1) och Daan Gene 2019-nCoV-analysen hade en total överensstämmelse på 99,4 % (95 % KI 96,6–99,9). Däremot var den totala överensstämmelsen mellan SARS-CoV-2 BGI-analysen och Sansure Biotech 2019-nCoV-analysen 98,8 % respektive 96,3 % (tabell 2).
Cohens kappakoefficient för överensstämmelse mellan CRS och Abbott SARS-CoV-2-analysresultat var helt överensstämmande (K = 1,00). På liknande sätt är Cohens kappavärden detekterade av Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI och Sansure Biotech 2019-nCoV också helt överensstämmande med CRS (K ≥ 0,925). I denna jämförande analys visade chi-kvadrattestet (McNemar-testet) att Sansure Biotech 2019-nCoV-analysresultaten skilde sig signifikant från CRS-resultaten (p = 0,031) (tabell 2).
Som visas i figur1. Andelen lägsta Ct-värde (< 20 Ct) i Abbott SARS-CoV-2-analysen (kombinerad RdRp- och N-gen) var 87,6 % och ORF1a/b-genens Ct-värde i Sansure Biotech 2019-nCoV-analysen visade att andelen låga Ct-värden (< 20 Ct) var 50,3 % och det höga Ct-värdet (36–40 Ct) var 3,2 %. 1. Andelen lägsta Ct-värde (< 20 Ct) i Abbott SARS-CoV-2-analysen (kombinerad RdRp- och N-gen) var 87,6 % och ORF1a/b-genens Ct-värde i Sansure Biotech 2019-nCoV-analysen visade att andelen låga Ct-värden (< 20 Ct) var 50,3 % och det höga Ct-värdet (36–40 Ct) var 3,2 %.Som visas i figur1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6 Ct Ot 87,6%, г. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3 %, а высокое значения (36 Ct)–4 Ctначения составляло 3,2%. 1, andelen av den lägsta Ct-värdet (< 20 Ct)-analys av Abbott SARS-CoV-2 (kombinerad gen RdRp och N) var 87,6 %, och Ct-värdet av ORF1a/b-genanalys av Sansure Biotech 2019-nCoV visade att andelen låga Ct-värden (< 20 Ct) stod för 50,3 %, och höga Ct-värden (36–40 Ct) stod för 3,2 %.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（（< 20% Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2 %. Som visas i figur 1 är den lägsta Ct-värdet i procent (< 20 Ct) för Abbott SARS-CoV-2-testet (kombination av RdRp och N-genen) 87,6 %, Ct-värdet för ORF1a/b-genen för Sansure Biotech 2019-nCoV-testet visar en låg Ct-procent (< 20 Ct) på 50,3 % och en Ct-procent (36–40 Ct) på 3,2 %. Hur kan jag hitta рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное процентное (2 Ctчентное () размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Som visas i figur 1 hade Abbott SARS-CoV-2-analysen (som kombinerar RdRp- och N-generna) det lägsta procentuella Ct-värdet (< 20 Ct) på 87,6 %, medan Ct-värdet för ORF1a/b-genen i Sansure Biotech 2019-studien – Analysen av nCoV visade ett lågt Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, en процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Procentandelen värden (< 20 Ct) var 50,3 % och andelen höga Ct-värden (36–40 Ct) var 3,2 %.Abbott SARS-CoV-2 B-testet registrerade Ct-värden över 30. Å andra sidan hade ORF1a/b-genen ett högt Ct-värde (> 36 Ct) i BGI SARS-CoV-2-analysen, och andelen var 4 % (Fig. 1). Å andra sidan hade ORF1a/b-genen ett högt Ct-värde (> 36 Ct) i BGI SARS-CoV-2-analysen, och andelen var 4 % (Fig. 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого состали 1 (рисокое значение). Å andra sidan, i analysen av BGI SARS-CoV-2 hade genen ORF1a/b ett högt Ct-värde (> 36 Ct), vars procentandel var 4 % (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为分比为 Å andra sidan, vid BGI SARS-CoV-2-detektion, är andelen ORF1a/b-gen med högt Ct-värde (>36 Ct) 4 % (Figur 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). Å andra sidan, i BGI SARS-CoV-2-analysen, var andelen ORF1a/b-gener med höga Ct-värden (>36 Ct) 4% (Fig. 1).
I denna studie tog vi 164 nasofaryngeala prover. För alla typer av analyser utfördes RNA-isolering och amplifiering med hjälp av de metoder och kit som rekommenderas av respektive tillverkare.
Denna studie visade att Abbotts test för SARS-CoV-2 har samma detektionsprestanda som CRS, med 100 % positiv, negativ och övergripande överensstämmelse. Cohens kappa-överensstämmelse är 1,00, vilket indikerar fullständig överensstämmelse med CRS. En liknande studie av University of Washington i USA fann att den övergripande sensitiviteten och specificiteten för Abbotts test för SARS-CoV-2 var 93 % respektive 100 %, jämfört med CDC:s laboratoriebestämda analys (LDA). 11. Abbotts SARS-CoV-2-detektionssystem är baserat på samtidig kombinerad detektion av N- och RdRp-generna, eftersom båda generna är mer känsliga, vilket minimerar falska negativa resultat12. En studie i Wien, Österrike, visade också att stora extraktionsprovvolymer och detektionseluentvolymer minimerade utspädningseffekter och ökade detektionseffektiviteten13. Således kan Abbotts perfekta matchning för SARS-CoV-2-analysen associeras med ett plattformsdetekteringssystem som samtidigt detekterar kombinatoriska gener, extraherar ett stort antal prover (0,5 ml) och använder en stor mängd eluent (40 µl).
Våra resultat visade också att detektionsprestanda för Daan-gentestet var nästan densamma som för CRS. Detta överensstämmer med en studie14 som genomfördes vid Anhui University i Huainan, Kina, och tillverkarens påstående om 100 % positiv överensstämmelse. Trots rapporter om konsekventa resultat var ett prov falskt negativt efter omtestning av samma eluat, men positivt i Abbott SARS-CoV-2- och Sansure Biotech nCoV-2019-analyserna. Detta tyder på att det kan finnas variationer i resultaten mellan olika typer av analyser. Icke desto mindre, i studien som genomfördes i Kina15, var resultatet av Daan Gene-analysen signifikant annorlunda (p < 0,05) jämfört med deras laboratoriedefinierade referensanalys. Icke desto mindre, i studien som genomfördes i Kina15, var resultatet av Daan Gene-analysen signifikant annorlunda (p < 0,05) jämfört med deras laboratoriedefinierade referensanalys. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался отличался (p < 0,05) эталонного анализа. I en studie i Kina15 skilde sig dock Daan Genes analysresultat signifikant (p < 0,05) från deras referensanalys i laboratoriet.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались в Китае15 (p < 0,05) его эталонным лабораторным тестом. I en studie i Kina15 skilde sig dock resultaten av Daans genetiska test signifikant (p < 0,05) jämfört med dess referenslaboratorietest.Denna skillnad kan bero på referenstestets känslighet för att detektera SARS-CoV-2, och ytterligare studier kan vara viktiga för att fastställa orsaken.
Dessutom utvärderade vår studie den jämförande prestandan för SARS-CoV-2 BGI-analysen med CRS, och visade utmärkt positiv procentuell överensstämmelse (PPA = 97,9 %), negativ procentuell överensstämmelse (NPA = 100 %) och total procentuell överensstämmelse efter kön (OPA). = 98,8 %). Cohens Kappa-värden visade god överensstämmelse (K = 0,975). Studier i Nederländerna16 och Kina15 har visat konsekventa resultat. SARS-CoV-2 BGI-testet är ett detektionstest för en enda gen (ORF1a/b) som använder 10 µl amplifierings-/detektionseluat. Trots god statistisk överensstämmelse med våra referensresultat missade analysen två positiva prover (1,22 %) av det totala provet. Detta kan ha enorma kliniska konsekvenser för överföringsdynamiken på både patient- och samhällsnivå.
En annan jämförande analys som inkluderades i denna studie var Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO)-analysen; den totala matchningsprocenten var 96,3 %. Överensstämmelsestyrkan bestämdes också av Cohens kappavärde, vilket var 0,925, vilket indikerar fullständig överensstämmelse med CRS. Återigen är våra resultat identiska med studier som utförts vid Central South University i Changsha, Kina, och vid kliniska laboratorieavdelningen på Liuzhou People's Hospital i Liuzhou City, Kina17. Även om ovanstående goda statistiska överensstämmelse registrerades, visade chi-kvadrattestet (MacNemar-testet) att resultatet av Sansure Biotech-analysen hade en statistiskt signifikant skillnad jämfört med CRS (p < 0,005). Även om ovanstående goda statistiska överensstämmelse registrerades, visade chi-kvadrattestet (MacNemar-testet) att resultatet av Sansure Biotech-analysen hade en statistiskt signifikant skillnad jämfört med CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критеритерикхий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие på сравнению с CRS (p. 5 <). Även om den goda statistiska överensstämmelsen ovan registrerades, visade chi-kvadrattestet (McNemar-testet) att resultatet av Sansure Biotech-analysen hade en statistiskt signifikant skillnad jämfört med CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure 明，Sansure 看県相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。… Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech och CRS. Trots den goda statistiska överensstämmelsen som noterats ovan, visade chi-kvadrattestet (McNemar-testet) en statistiskt signifikant skillnad (p < 0,005) mellan Sansure Biotech-analysen och CRS.Sex prover (3,66 %) visade sig vara falskt negativa jämfört med CRS (kompletterande tabell 1); detta är mycket viktigt, särskilt med tanke på virusets överföringsdynamik. Ovanstående data stöder också denna låga detektionsgrad15.
I denna studie bestämdes Ct-värden för varje analys och respektive plattform, med det lägsta genomsnittliga Ct-värdet rapporterat i Abbott SARS-CoV-2-analysen. Detta resultat kan vara relaterat till Abbotts samtidiga kombinerade genetiska testsystem för detektion av SARS-CoV-2. Enligt figur 1 hade därför 87,6 % av Abbott SARS-CoV-2-resultaten Ct-värden under 20. Endast ett litet antal provresultat (12,4 %) låg i intervallet 20–30. Ct-värden över 30 registrerades inte. Utöver Abbotts användning av SARS-CoV-2-panelens genetiska testformat kan detta resultat vara relaterat till den nedre detektionsgränsen (32,5 RNA-kopior/ml)18, vilket är tre gånger lägre än företagets nedre gräns på 100 RNA-kopior/ml)19.
Denna studie har vissa begränsningar: för det första har vi inga standard-/referensmetoder [såsom virusmängd eller andra laboratorietester (LDA)] på grund av brist på resurser. För det andra var alla prover som användes i denna studie nasofaryngeala pinnprover, medan resultaten inte var tillämpliga på andra provtyper, och för det tredje var vårt urval litet.
Denna studie jämförde prestandan hos fyra rRT-PCR-analyser för SARS-CoV-2 med nasofaryngeala prover. Alla detektionsanalyser hade nästan jämförbar prestanda, med undantag för Sansure Biotech-analysen. Dessutom identifierades en låg positivitetsgrad i Sansure Biotech-analysen jämfört med CRS (p < 0,05). Dessutom identifierades en låg positivitetsgrad i Sansure Biotech-analysen jämfört med CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Dessutom visade Sansure Biotech-testet en låg andel positiva resultat jämfört med CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Dessutom hade Sansure Biotech-analysen en lägre positivitetsgrad jämfört med CRS (p < 0,05).Sansure Biotechs nCoV-2019 (RUO)-analys av PPA, NPA och total överensstämmelse översteg 93,5 % med ett Cohen Kappa-styrkevärde på 0,925. Slutligen behöver Sansure Biotech Assay (RUO) ytterligare validering för användning i Etiopien, och ytterligare forskning bör övervägas för att utvärdera påståenden från enskilda tillverkare.
Jämförande studiedesign genomfördes vid fyra hälsovårdsinrättningar i Addis Abeba, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital och St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Data samlades in mellan 1 och 31 december 2020. De medicinska inrättningarna för denna studie valdes medvetet baserat på deras höga antal fall och tillgången till större behandlingscenter i staden. På liknande sätt valdes instrument, inklusive realtids-PCR-instrumenten ABI 7500 och Abbott m2000, enligt rekommendationerna från tillverkarna av NAAT-reagens, och fyra PCR-detektionskit valdes för denna studie, eftersom de flesta laboratorier i Etiopien använde minst fyra av dem. Gentest, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test och SARS-CoV-2 BGI-test utfördes under studien.
Testning för SARS-CoV-2 utfördes från 1 till 30 december 2020 med 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kina) från individer som undersöktes för COVID-19 och hänvisats till EPHI. Nasofaryngeala prover samlades in av utbildade provtagare och skickades till EPHI i trippelförpackningar. Före isolering av nukleinsyra tilldelas varje prov ett unikt identifikationsnummer. Extraktion utförs från varje prov omedelbart vid ankomst med hjälp av manuella och automatiska extraktionsmetoder. För automatisk extraktion av Abbott m2000 extraherades således 1,3 ml (inklusive 0,8 ml dödvolym och 0,5 ml extraktionsinloppsvolym) av provet från varje prov och passerade genom Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). En batch om 96 [92 prover, två detektionskontroller och två icke-mallkontroller (NTC)] inkluderades i den övergripande processen (återvinning och detektion) av två omgångar av SARS-CoV-2 (EUA) i realtid. På liknande sätt, för manuell extraktion, använd samma prover (för automatisk extraktion och upptäckt). Således, under hela processen, alikvoterades 140 µl prover och extraherades med QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Tyskland) i batcher om 24 (inklusive 20 prover, två analyskontroller och två NTC) under nio omgångar. Manuellt extraherade eluat amplifierades och detekterades med hjälp av en ABI 7500 termocykler med SARS-CoV-2 BGI-analys, Daan Gene-analys och Sansure Biotech-analys.
Automatiserad isolering och rening av SARS-CoV-2 viralt RNA följer principen om magnetiska kulor med hjälp av Abbott DNA-provprepareringsreagens. Inaktivering av prover och solubilisering av viruspartiklar utförs med hjälp av ett rengöringsmedel innehållande guanidinisotiocyanat för att denaturera proteinet och inaktivera RNase. RNA separeras sedan från proteinet genom fastfasseparation med hjälp av kiseldioxid, dvs. guanidiniumsaltet och det alkaliska pH-värdet i lysbufferten främjar bindning av nukleinsyrorna till kiseldioxiden (SiO2). Sköljningssteget avlägsnar kvarvarande proteiner och skräp för att producera en klar lösning. Transparent RNA isoleras från kiseldioxidbaserade mikropartiklar med hjälp av instrumentets magnetfält20,21. Å andra sidan utförs manuell isolering och rening av RNA med spinnkolonnmetoden med centrifugering istället för ett magnetiskt stativ och separation av mikropartiklar från elueringsmedlet.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) utfördes enligt tillverkarens instruktioner, som erhöll EUA19,22 från WHO och FDA. I detta protokoll utfördes provinaktivering före extraktion i ett vattenbad vid 56 °C i 30 minuter. Efter virusinaktivering utfördes nukleinsyraextraktion på ett Abbott m2000 SP-instrument från 0,5 ml VTM med hjälp av ett Abbott m2000 DNA-provberedningssystem, enligt tillverkaren. Amplifiering och detektion utfördes med ett Abbott m2000 RT-PCR-instrument, och dubbel detektion utfördes för RdRp- och N-generna. ROX) och VIC P (patentskyddat färgämne) för målinriktning och detektion av interna kontroller, vilket möjliggjorde samtidig detektion av båda amplifieringsprodukterna19.
Amplifieringsdetektionsmetoden i detta kit är baserad på enstegs-RT-PCR-teknik. ORF1a/b- och N-generna valdes ut som konserverade regioner av Daan Gene Technology för att detektera amplifiering av målregionen. Specifika primers och fluorescerande prober (N-genprober märkta med FAM, ORF1a/b-prober märkta med VIC) har utformats för att detektera SARS-CoV-2 RNA i prover. Den slutliga eluenten och mastermixen framställdes genom att tillsätta 5 µl eluent till 20 µl av mastermixen till en slutlig volym på 25 µl. Amplifiering och detektion utfördes samtidigt på ett ABI 750024 realtids-PCR-instrument.
ORF1a/b- och N-generna detekterades med hjälp av Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescerande PCR-detektion). Förbered specifika prober för varje målgen genom att välja FAM-kanalen för ORF1a/b-regionen och ROX-kanalen för N-genen. Till detta analyspaket tillsätts eluent och mastermixreagens enligt följande: förbered 30 µl mastermixreagens och 20 µl eluerat prov för detektion/amplifiering. Realtids-PCR ABI 750025 användes för amplifiering/detektion.
SARS-CoV-2 BGI-testet är ett fluorescerande realtids-rRT-PCR-kit för diagnos av COVID-19. Målregionen är belägen i ORF1a/b-regionen i SARS-CoV-2-genomet, vilket är en metod för detektion av en enda gen. Dessutom är den humana hushållsgenen β-aktin en internt reglerad målgen. Mastermixen framställs genom att blanda 20 µl av mastermixreagenset och 10 µl av det extraherade RNA-provet i en brunnsplatta26. Ett ABI 7500 fluorescerande kvantitativt realtids-PCR-instrument användes för amplifiering och detektion. All nukleinsyraamplifiering, PCR-körningsförhållanden för varje analys och tolkning av resultaten utfördes enligt respektive tillverkares instruktioner (tabell 3).
I denna jämförande analys använde vi inte referensstandardmetoden för att bestämma procentuell överensstämmelse (positiv, negativ och övergripande) och andra jämförelseparametrar för de fyra analyserna. Varje testjämförelse gjordes med CRS, i denna studie sattes CRS av regeln "alla positiva" och resultatet bestämdes, inte av ett enda test, vi använde minst två matchade testresultat. Dessutom, vid COVID-19-överföring, är falskt negativa resultat farligare än falskt positiva resultat. För att kunna säga "positivt" så exakt som möjligt från ett CRS-resultat måste därför minst två analystester vara positiva, vilket innebär att minst ett positivt resultat sannolikt kommer från en EUA-analys. Således, av fyra testresultat anses två eller fler testresultat som ger samma resultat vara sant positiva eller negativa18,27.
Data samlades in med hjälp av strukturerade dataextraktionsformulär, datainmatning och analys utfördes med hjälp av statistikprogrammet Excel och SPSS version 23.0 för deskriptiv statistik. Positiv, negativ och total procentuell överensstämmelse analyserades, och en Kappa-poäng användes för att bestämma graden av överensstämmelse för varje metod med CRS. Kappa-värden tolkas enligt följande: 0,01 till 0,20 för mild överensstämmelse, 0,21 till 0,40 för allmän överensstämmelse, 0,41–0,60 för måttlig överensstämmelse, 0,61–0,80 för större överensstämmelse och 0,81–0,99 för fullständig överensstämmelse28.
Etiskt godkännande erhölls från Addis Abebas universitet och alla experimentella protokoll för denna studie godkändes av Etiopiska folkhälsoinstitutets granskningsnämnd för vetenskaplig etik. Referensnumret för EPHI:s etiklicens är EPHI/IRB-279-2020. Alla metoder tillämpades i enlighet med rekommendationerna och bestämmelserna i Etiopiens nationella omfattande riktlinjer för behandling av COVID-19. Dessutom erhölls skriftligt informerat samtycke från alla studiedeltagare före deltagande i studien.
All data som erhållits eller analyserats i denna studie ingår i denna publicerade artikel. Data som stöder resultaten av denna studie är tillgängliga från respektive författare på rimlig begäran.
Världshälsoorganisationen. Rekommendationer för laboratorieteststrategier för COVID-19: Interimsriktlinjer, 21 mars 2020 nr WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Smart COVID-19-diagnos på akutmottagningen: Allt i praktiken. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Smart COVID-19-diagnos på akutmottagningen: Allt i praktiken.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. och Gurgulianis, KI Intelligent diagnos av COVID-19 på akutmottagningen: allt i praktiken.Muliou DS, Pantazopoulos I. och Gurgulyanis KI Intelligent diagnos av COVID-19 på akutmottagningar: heltäckande integration i praktiken. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL och St George, K. Utvärdering av COVID19 ID NOW EUA-analysen. Mitchell, SL och St George, K. Utvärdering av COVID19 ID NOW EUA-analysen.Mitchell, SL och St. George, K. Utvärdering av COVID19 ID NOW EUA-analysen.Mitchell SL och St. George K. Utvärdering av COVID19 ID NOW EUA-analysen. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratorieupptäckt av coronavirussjukdom 2019 (COVID-19) vid misstänkt sjukdom hos människor. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (hämtad 15 augusti 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19-diagnos: Sjukdomar och testverktyg. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Etablering av Patologkollegiet i Öst-, Central- och Södra Afrika – Regional School of Pathology of the Middle East and South Africa. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopiska folkhälsoinstitutet, federala hälsoministeriet. Tillfällig nationell strategi och vägledning för laboratoriediagnos av covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (hämtad 12 augusti 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falskt negativa tester för SARS-CoV-2-infektion – utmaningar och konsekvenser. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falskt negativa tester för SARS-CoV-2-infektion – utmaningar och konsekvenser.Voloshin S., Patel N. och Kesselheim AS Falskt negativa tester för SARS-CoV-2-infektioner och deras konsekvenser.Voloshin S., Patel N. och Kesselheim AS Falskt negativa tester för provokation och effekterna av SARS-CoV-2-infektion. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskt positiva och falskt negativa COVID-19-fall: Strategier för förebyggande och behandling av andningsvägar, vaccination och ytterligare perspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskt positiva och falskt negativa COVID-19-fall: Strategier för förebyggande och behandling av andningsvägar, vaccination och ytterligare perspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskt positiva och falskt negativa fall av COVID-19: strategier för förebyggande och behandling av andningsvägar, vaccination och vägen framåt.Muliu, DS och Gurgulianis, KI Falskt positiva och falskt negativa fall av COVID-19: strategier för förebyggande och behandling av respiratoriska sjukdomar, vaccination och vägen framåt. Expert Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnos på akutmottagningen: Att se trädet men förlora skogen. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnos på akutmottagningen: Att se trädet men förlora skogen.Mouliou, DS, Ioannis, P. och Konstantinos, G. COVID-19-diagnos på akutmottagningen: Se trädet, förlora skogen.Muliou DS, Ioannis P. och Konstantinos G. COVID-19-diagnos på akutmottagningar: Inte tillräckligt med skog för träden. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validering och validering av den analytiska och kliniska prestandan hos Abbott RealTime SARS-CoV-2-analysen. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Jämförelse av fem primeruppsättningar från olika genomregioner av COVID-19 för detektion av virusinfektion med konventionell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Jämförelse av fem primeruppsättningar från olika genomregioner av COVID-19 för detektion av virusinfektion med konventionell RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. och Aflatunyan, B. Jämförelse av fem uppsättningar primers från olika regioner av COVID-19-genomet för detektion av virusinfektion med konventionell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Jämförelse av 5 olika genetiska regioner hos COVID-19 för detektion av virusinfektion med konventionell RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. och Aflatunyan B. Jämförelse av fem uppsättningar primers från olika regioner av COVID-19-genomet för detektion av virusinfektion med konventionell RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologi. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Preliminära resultat från det nationella externa kvalitetsbedömningsprogrammet för detektion av SARS-CoV-2-genomsekvenser. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytisk utvärdering av effekten av fem RT-PCR-kit för coronavirus med allvarligt akut respiratoriskt syndrom 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Utvärdering av sju kommersiellt tillgängliga SARS-CoV-2 RNA-detektionskit i Kina baserade på realtidspolymeraskedjereaktion (PCR). klinisk. Kemisk. laboratorium. medicin. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Jämförelse av sju kommersiella RT-PCR COVID-19-diagnostikkit. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Jämförelse av diagnostisk prestanda hos två PCR-kit för detektion av SARS-CoV-2-nukleinsyror. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, etc. En jämförande studie av fyra SARS-CoV-2 plattformar för nukleinsyraamplifieringstestning (NAAT) visade att ID NOW-prestanda försämrades signifikant beroende på patient och provtyp. diagnos. mikrobiologi. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott-molekyl. Bipacksedel för Abbott realtidsanalys av SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Från och med 10 augusti 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA-isolering med magnetiska pärlor för snabb storskalig detektion med RT-qPCR och RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Publiceringstid: 8 december 2022
Sekretessinställningar